У меня под Windows есть переменная окружения
CRYPTOPP_INCLUDE=d:\Libs\CryptoPP\5_6_2\cryptopp

в .pro файле есть такая строчка:
win32 {
INCLUDEPATH += $(CRYPTOPP_INCLUDE)/..
}

в результирующем Makefile получаем вместо -I$(CRYPTOPP_INCLUDE)/.. строку -I.
причём, если написать:
win32 {
INCLUDEPATH += $(CRYPTOPP_INCLUDE)
}
, то всё работает нормально.

Кто-нибудь знает обходной путь?