Здравствуйте, Molchalnik, Вы писали:

M>А откуда брать дебаг-символы на линухе для jvm?

Зависит от дистра и jdk. Примерно как-то так:
https://www.javacodegeeks.com/2012/01/debugging-jvm.html
Там же написано как незаметно вкрячить gdb под эклипс если ты на нём работаешь

Что касается gdb и дебага кросс-языков штук, то тут хз. В C++ от gdb не уйдешь так или иначе. Возможно есть вариант настроить запуск приложения с джава хостом в силайоне, чтобы дебажить прям там с ide в качестве gdb фронтенда.