Здравствуйте, nen777w, Вы писали:

N>A меня для анализа связей интересуют только ноды которые зациклены.

N>gv_test/ — исходники утилиты для обработки graphviz файлов
Реально аналогия с сортировка массива через bogosort оказалась удачной Простая задача была сведена к адски сложной. Неудивительно, что программа неспешно работает.

Короче, твоя задача решается алгоритмом https://en.wikipedia.org/wiki/Kosaraju%27s_algorithm за время O(E+V). Или любым другим алгоритмом поиска компонент сильной связности.

N>data/easy_file.gv — 10Mb файл, время обаботки 36 секунд.
N>data/problem_file.gv — 5Mb проблемный файл
150 миллисекунд тупой реализацией на питоне. Да исходный файл с диска читался дольше