Здравствуйте, AlexGin, Вы писали:

AG>Я полагаю, что все новые вирт-методы должны добавляться после DeInit, это обеспечит запуск старых плагинов.
AG>Коллега по работе предлагает размещать так, как оно кажется логичнее (без ориентации на совместимость со старымы плагинами),
AG>мотивируя это тем, что все плагины также придётся пересобирать.

вы там определитесь нужна ли обратная совместимость со старыми плагинами или нет.
как только определитесь, то и решение сможете принять

насчет обратной совместимости: я работал с подобной системой и там виртуальные методы добавлялись в конец (там обязательно надо было поддерживать обратную совместимость) и вот однажды после добавления очередного метода совместимость сломалась.
оказалось, что если добавляется метод с именем, который уже есть (но с другим аргументами, к примеру), то студийный компилятор ломает порядок методов, группируя методы с одинаковым именем
так что будьте внимательны