Здравствуйте, LowCoder, Вы писали:

LC>Либо сделать общий для всех проектов Makefile там определить цель all и в одном файле прописывать все зависимости. В этом случае у нас проект получается жесткой структуры – все завсит от одного файла, страдает модульнось.

Я не гуру. Делаю так:
В подпапках свои файлы.
В корневом файле трансляция целей вида:

SUBDIRS= sub1 \
<------> sub2 \


default:
<------>for p in $(SUBDIRS); do (cd $$p; make $@; cd ..;); done

all:
<------>for p in $(SUBDIRS); do (cd $$p; make all; cd ..;); done

А инклюды только для типовых действий (в результате файлы в подпапках минимальные)