Здравствуйте, antworker, Вы писали:

A>Сгенерировал toolchain.
A>Делаю CC="my-gcc" и запускаю ./configure
A>...
A>в это время оно (autoconf) компилирует "свои" кусочки кода и запускает их чтобы узнать подерживает ли система нужные функции.
A>Вот тут то и возникает подвох — новые бинарники не работают на build системе, а должны запускаться на target.

Самого по себе переопределение компилятора недостаточно. По идее configure, если только он не совсем самопальный, должен принимать параметры --build, --host, --target и делать выводы из их несовпадения. Для начала посмотрите здесь http://gcc.gnu.org/onlinedocs/gccint/Configure-Terms.html