Здравствуйте, AndryBlack, Вы писали:

J>> 1. Делать цельный Lua<->C++ count reference (если boost::shared_ptr не подходит можно посмотреть в сторону intrusive_ptr — там счётчик вытащен наружу)

AB>Можно подробней? Наследование в Lua от С++ классов есть?

Нету.
Вам будет лучше перейти на 1й вариант — intrusive_ptr. Отнаследованный LUA класс увеличивает счётчик на базовый класс, и т.д...