CC>Если у тебя в основном коде нет jmp в этот кусок то нормальные дизассемблеры его выделят как кусок данных и дизасмить не станут.
Угу, поэтому jmp нужно сделать условным, и подобрать неочевидное условие, которое будет всегда вызывать переход. А вычисление адреса перехода опять же сделать на основе математики. Хотя тут конечно лучше шифровать байт-код, чтобы его границы сложно было выделить в исполняемом коде на глаз.

Кстати, можно было бы сделать виртуальную машину, которая выполняет подмножество команд x86, но делает это неожиданным способом. Простейший пример: сложение вместо умножения, умножение вместо деления и т.п. Или такое уже есть?