S>Include guards уже есть в этих файлах. Вопрос не в этом. Вопрос в том, можно ли скомпилять либу с одним из них, но использовать с другим. Конечно, лучше этого не делать. Но если это произошло, то чем чревато? Может кто сталкивался?

Либы вообще зло. они не зло только тогда, когда они промежуточный продукт компиляции, и строятся вместе со всем остальным.

Строить либу в одном месте, а остальное — в другом — это зло.