А>Так ты пытаешься mysqlEmb от одной версии собрать с mysql другой версии?
А>Может в этом засада?

А>А этот, mysql, он в исходниках?
А>Тогда бери целиком ту версию mysql, которая с mysqlEmb и собирай там всё — и embedded и те части mysql, которые ему нужны
вобщем mysqlEmb (полностю DBD::mysqlEmb) это модуль для perl-а который поддерживает весь функционал mysql без установки сервера

mysqlEmb обнаружен мой как часть DBD::mysql (драйвер mysql для perl-а)
точнее говаря исходники DBD::mysql можно скомпилить в специальном режиме для получения mysqlEmb
вот ссылка:
http://search.cpan.org/~capttofu/DBD-mysql-3.0002/
ище требуеться
http://www.activestate.com/Products/ActivePerl/?mp=1 ( v5.6.1 built for MSWin32-x86-multi-thread)
и
http://www.mysql.com/ (нужна mysql-4.0.17-win версия уж незнаю где ее найти...)