P>история вопроса:
P>по данным компании mysql
P>mysqlEmb был разработан сторонней компанией
P>был включен в некотые 4-е релиза mysql под виндовс
P>в новых релизах не обнаружен
P>-
P>mysqlEmb в виде собраного модуля
P>в инете не обнаружен

Так ты пытаешься mysqlEmb от одной версии собрать с mysql другой версии?
Может в этом засада?

А этот, mysql, он в исходниках?
Тогда бери целиком ту версию mysql, которая с mysqlEmb и собирай там всё — и embedded и те части mysql, которые ему нужны.