C>Посоветуйте проверенные программы для анализа исходного кода. Необходимо уменьшить время сборки проектов , за счет уменьшения количества
C>вложенных include и т.п. или любые рекомендации по этому поводу.
C>Исходный код C++ используется MFC, STL компилятор — VS 2003.net

А при чем сдесь вложенные инклуды? Они как правило обрамлены

#ifndef INCLUDE_H 
#define INCLUDE_H 
...
#endif

, или более того — в указаной VS 2003 опцией #pragma once, что должно несколько ускорить компиляцию, но при потере переносимости. Но это однозначно не узкое место.
Больше тормозят компиляцию шаблоны, и в частности всевозможное метопрограммирование на них основаное. Но насколько я понимаю, переписывать проект без использования онного никто не будет. Так что и тут никто не поможет.
Так что могу посоветовать только систему распределенной сборки, например IncrediBuild — www.xoreax.com. Детальнее — у них на сайте