Здравствуйте, ledex, Вы писали:

L>Создал простое Dialog-based MFC приложение. Добавил в него поддержку ATL и простой ATL объект. Фабрика регистрируется с флагом REGCLS_MULTIPLEUSE. Все делал с помощью визарда. Ни строчки кода вручную. Регистрирую сервер. Настраиваю запуск через DCOMCNFG сначала как "Interactive User", а потом как "This User". В обоих случаях при запуске клиента сервер стартует от "Launching User". Т.е. настройки DCOMCNFG игнорируются.
L>Есть готовый Exe сервер, который корректно воспринимает настройки DCOMCNFG. Регистрирую его в системе. И заменяю Exe своим сервером (в котором поменял CLSID и IID на те, которые зарегистрированы в системе). Снова запускаю клиент (с новыми CLSID и IID). Все работает. Т.е. сервер стартует согласно настройкам DCOMCNFG.
L>В чем может быть дело?

Посмотрите ключ HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Classes\AppID\{AppId вашего приложения}
Есть ли там переменная RunAs и какое у нее значение.