Правильно

HINSTANCE GetModuleInstance()
{
    return _AtlBaseModule.m_hInst;
}

Пардон, написал гониво — /Fx попутал. Никаких проблем с stdafx.h нету — _AtlBaseModule.m_hInst можно использовать независимо от объявления класса и переменной _AtlModule.