S>Говорят, сканер может сжечь бортовик и, мол, если я сам подключу — возможно нарушение гарантии.

Сам сканер вряд ли.
Более того, следует брать не сканер (устройство), а кабель (USB-шный, например, для VAG — KKL) и подключать к ноутбуку. Там вообще сжечь нечем.

Другое дело что зачастую народ, обнаружив, как, оказывается, много всего можно поменять, вплоть до разблокировки круиз-контроля на некоторых авто, начинает экспериментировать с ЭБУ. И тогда уже возможны варианты. Например, заливая топливную карту, задевают провод, тот выпадает из гнезда и ЭБУ сходит с ума.