Когда минимизирую приложение и нажимаю правую кнопку на иконке в трее,
получаю меню от НЕМИНИМИЗИРОВАННОГО окна

Так что Help

LRESULT CAFVMainDLG::onSize(UINT uMsg, WPARAM wParam, LPARAM lParam, BOOL &bHandled)
{
bHandled = false;
if(wParam & SIZE_MINIMIZED)
{
if(m_NotifyIcon.AddIcon())
{
ShowWindow(SW_MINIMIZE);
ShowWindow(SW_HIDE);
bHandled = true;
}
}
return(0);
}

LRESULT CAFVMainDLG::onTrayNotify(UINT uMsg, WPARAM wParam, LPARAM lParam, BOOL &bHandled)
{
if(lParam == WM_LBUTTONUP)
{
m_NotifyIcon.RemoveIcon();
ShowWindow(SW_SHOW);
ShowWindow(SW_RESTORE);
} else if(lParam == WM_RBUTTONUP) {
POINT pt;
HMENU hMenu = ::GetSystemMenu(m_hWnd, false);

::GetCursorPos(&pt);
SetForegroundWindow(m_hWnd);
::TrackPopupMenu(hMenu, 0, pt.x, pt.y, 0, m_hWnd, NULL);
}
return(0);
}