Решил проблему сам, следующим способом:
1) При создании проекта MDI в визарде WTL/ATL указал Enable ActiveX Control Hosting и Create as COM Server
2) Пришлось самому создать control следующим способом
LRESULT CWebView::OnCreate(UINT _uMsg, WPARAM _wParam, LPARAM _lParam, BOOL& _bHandled)
{
LRESULT lResult = this->DefWindowProc(_uMsg, _wParam, _lParam);
CComPtr<IAxWinHostWindow> spAxWindow;
CComPtr<IAxWinAmbientDispatchEx> spAxWinAmbient;
CComQIPtr<IDispatch> spDispatch;
HRESULT hResult = this->QueryHost(&spAxWinAmbient);
// Set the custom IDispatch object
hResult = spAxWinAmbient->SetAmbientDispatch(spDispatch);
// Get the IAxWinHostWindow interface to create the WebBrowser Control
hResult = this->QueryHost(&spAxWindow);
// Create the control in the Host window
LPOLESTR pszName = OLESTR("Shell.Explorer");
hResult = spAxWindow->CreateControl(pszName, m_hWnd, NULL);
hResult = AtlAxGetControl(m_hWnd, &m_pUnk);
if (SUCCEEDED(hResult))
{
hResult = m_pUnk->QueryInterface(IID_IWebBrowser2, (LPVOID*) (CComPtr<IWebBrowser2>*)this);