Здравствуйте, kirban, Вы писали:

K>Так она всегда будет прерывать, если обработка идет довольно долго.

Только если процесс с более выскоим приоритетом, если Вы работаете на уровне прерывания, то прервать будет очень трудно.
К тому же, наверное не нужна обработка в моменты когда данные загружабтся в буфер порта или он ожидает завершения передачи...

Несколько непонятно что конкретно должен делать обработчик и как быстро.