Хочу пожать текст кодом хаффмана, а потом работать с разными символами, ссылаясь на них по номеру бита.

Поскольку это не арифметическое кодирование, то символы всегда будут располагаться на границах битов
и работать с ними будет легко и просто.

Какие команды есть в современных процессорах (x86_64) для реализации моей замечательной идеи?

И вообще, почему бы имея 64-битную шину не делать адресуемыми биты вместо байтов?