_>Разработал я программу, выполняется она под CLR(.NET). В ней есть поток, который производит определенную обработку, достаточно интенсивную, крутится в цикле, либо без sleep-ов и wait-ов вообще, либо с ними (на проблему это не влияет никак). Тестировал на разных компьютерах под ОС Windows 7 x64. Стал запускать на хостинге, там виртуальная машина (средствами Microsoft сделанная), гостевая ОС Windows Server 2012 R2 x64,
_>Xeon E5 (он мне так виден по крайней-мере)...
На уровне предположения: хостер таким образом ограничивает вам ресурс процессора.
Я бы на вашем месте начал именно с хостера: попросил бы посмотреть его свои логи на предмет выхода за лимиты предоставленной виртуалки, нагрузки на железо или просто каких-либо ошибок.