Размер буффера, номерами которых индексируется ссылки, указан в аттрибуте 0x90.
Полагаю, что у вас это будет 512 байт, а не 64К.
Выложите сырые данные MFT записи (чтобы видеть 0x90) и $INDEX_ALLOCATION (думаю не обязательно)