В чём принципиальное и существенное отличие двух этих функций (SetWindowsHookEx и SetWinEventHook)?
Какую лучше использовать?

А>Какую лучше использовать?

Это вообще-то принципиально разные вещи, первая ловит оконные сообщения, вторая ловит некие события объектов, а если у тебя вопрос в том, как эффективнее внедрить свои .dlls во все процессы, то ни одна из этих функций не является идеалом.