Теоретически: пишем сервис, который открывает HID девайс тачскрина, шлет ему IOCTL_HID_ENABLE_SECURE_READ (сервис должен иметь привилегию SeTcbPrivilege) и дальнейший инпут выгребает тока наш сервис, посылая девайсу IOCTL_HID_GET_INPUT_REPORT. Мышь ограничиваем ужным дисплеем, а апликуха на другом дисплее общается с нашим сервисом и получает инпут исключительно от него.