Можно найти одну из утилит записи загрузочных дискет для Linux, BSD и посмотреть исходник версии этой утилиты для W9x/wNT, на память приходит название NTRW.C...
т.к. я пользуюьсь версией UNIX, называемой OpenBSD, то предложу слить ее, например, отсюда
http://rt.fm/pub/OpenBSD/3.2/tools/ntrw.c