Здравствуйте, Didro, Вы писали:

D>Нашел статью, в которой описывается моя проблема — System Identification Of A Higher Order System.

Я боюсь ты не поял о чем эта статья. Она об аппроксимации передаточной функции высокого порядка с помощью фунций второго и первого порядков.

D>
D>(зеленым цветом — теоретические результаты (по аналитически представленной передаточной функции), синим цветом — экспериментальные результаты (по данным))
D>Откуда возникает это различие ?

Этот гафик показывает исходную функцию высокого порядка и апроксимирующую функию второго поряка. Далее в статье подбираются дополнительные функции низкого порядка для более точной аппроксимации области высоких частот. Это довольно таки грубый метод получения аналитического представления передаточной функции по экспериментальным данным и он работает только для очень простых форм АФЧХ.

Похоже это совсем не твой случай.