Здравствуйте, Аноним, Вы писали:

А>Нужен алгоритм сравнения XML документов, учитывающий структуру.
А>Вопрос: разработаны ли такие алгоритмы и языки? Если нет, то что наиболее продвинутое разработано?

Может и не совсем по теме, но есть такой всеобщий фреймворк по синхронизации всего Harmony

Harmony is framework for defining, updating, and synchronizing views over strings, trees, and relations.

Один из из примеров — иерархический дифф для XML, возможно что-то там будет полезно.