Существует такая программа — Keyboard Ninja
которая сама переключает раскладки и как известно
не работает в Висте.

Для нее существую языковые файлы.
Пакет файлов для русского языка лежит
здесь http://www.futura.ru/hg/ninja_ru.zip

и содержит 5 файлов, среди которых есть
1049.kns. В нем содержатся
допустимые сочетания букв в русском языке.

Смотрю на файл, там есть служебные символы
типа # и никак не могу понять принцип по которому
это все можно считать в массив буквосочетаний

В общем нужен алгоритм разбора файла.
Гляньте, плиз, кому не лень.