Здравствуйте, Egen, Вы писали:

E>1. Сопоставить частоты — а как их сопоставишь, если спектр ряда, растянутого относительно другого ряда тоже растягивается (а не сдвигается!).

Да, но
1) количество данных уменьшается (отбрасываем шумовые составляющие)
2) естественным способом переходим к логарифмической шкале частоты (на исходных последовательностях логарифмическое время — это изврат), а логарифмы уже сдвигаются

E>2. Ряд не обязательно гармонический (начало и конец выборки могут не совпадать),

Можно не Фурье, а Лапласа... Я, правда, не скажу навскидку, как сделать быстрое преобразование Лапласа.

Если последовательности "пляшут" вокруг некоторых прямых ax+b, то вообще делать нечего Сравниваем коэффициенты при x.

Постоянную составляющую (среднее арифметическое) исключаем.
Дальше, если есть некоторый коэффициент роста (та самая ax), то все очень просто становится (чтобы найти, просто считаем сумму ряда, делим на длину).
Если нет — находим спектр.