Здравствуйте, Аноним, Вы писали:

А>Есть матрица 2M x 100K элементов. Кол-во непустых NNZ = 2миллиарда.
А>Может есть более компактый способ хранения ?

Нет такого способа.
Количество возможных матриц 2000000*100000 заполненных 2000000000 элементов
количество = факториал(2E11)/факториал(2E11 — 2E9)
то есть примерно 2E11 в степени 2E9
оценим сколько информации требуется для указания какая матрица сейчас.
ln(N)/ln(2)/8 байт
ln(2E+11^2E+9)/ln(2)/8=2E+9*ln(2E+11)/ln(2)/8
Считаем на калькуляторе и понимаем что меньше 9 гигов не получиться и думать нечего.

P.S.
Разве что не все варианты заполнения матриц возможны.