Думаю, лучшего качества сжатия можно добиться, если слить все файлы в одну кучу, а потом неким волшебным образом оптимально разрезать на куски (n >= 0) и сжимать эти куски отдельно. Причем файлы нужно расположить в той последовательности, в которой оптимальное разбиение будет опять же оптимально
Только вот не стоит оно того...