int a,b,c; \\a,b — числа, причём a ДОЛЖНО быть больше b

for(;)
{
c = a%b;
if (c == 0)
break; \\НОД — b
else {
a = b;
b = c;
}
}

Писал в спешке, поэтому может что-то перепутал, поищи в Сети. Это называется "алгоритм Евклида".