1. Хранить в реестре (сам Windows советует так делать)
2. Хранить в папке C:\Users\пользователь\Application Data\название программы (разрешённой для записи)
1-ый вариант мне видится не очень хорошим, т.к. не хочется замусоривать реестр, к тому же каждый раз трудно туда добираться вручную.
Самый верный вариант — писать в папку пользователя (2-ой вариант)