1. Каждый баг относится к некой User Story/Backlog Item. Т.е. сам по себе баг никому не нужен — он всегда связан с функционалом некого высшего порядка. Философски это правлильно.
2. Баг является независимой сущностью и появляется в беклоге независимо, без привязки к User Story/Backlog Item.
В MS TFS в шаблонах для Scrum баг сделан независимой сущностью (отображается в беклоге наравне с Backlog Item), а вот в CMMI и Agile — он может быть только в рамках User Story/Backlog Item и в беклоге баги не видны.
Понятно что идеологически более правильно вариант #1. Но на практике, имх, гораздо удобнее вариант #2, по той причине, что один баг может затрагивать разные User Story или просто лень его классифицировать.