HWND hWnd = ::FindWindow(_T("Notepad"), NULL);
if(!hWnd)
    return;
// Если окно уже имеет парента...
if(::GetWindowLong(hWnd, GWL_HWNDPARENT))
    // урать его, тем самым показав в таскбаре...
    ::SetWindowLong(hWnd, GWL_HWNDPARENT, NULL);
else
    // иначе ставим его парантом к DesktopWindow, тем самым убирая из таскбара.
    ::SetWindowLong(hWnd, GWL_HWNDPARENT, (LONG)::GetDesktopWindow());